כאשר מדברים על קידום אתרים אורגני (organic SEO) מתכוונים כמעט תמיד לתוצאות שמציג מנוע החיפוש על בסיס אלגוריתם החיפוש שלו. אי אפשר לקנות את המיקום הזה בכסף והופעת אתר כלשהו בעמוד הראשון של התוצאות (עדיפות כמובן למקומות הגבוהים) תזכה את אותו אתר בחשיפה גבוהה מאד ובכמות גולשים גדולה למדי. חברת קידום אתרים מחוכמת תיקח את קידום האתרים האורגני צעד אחד נוסף ולא תקבל את התוצאות כמוגבלות לתוצאות החיפוש "הטבעיות" שמראים מנועי החיפוש אלא תכלול גם מתודולוגיות להשגת מיקום טוב בתוך אותן התוצאות.

ישנן דרכים רבות לקידום אתרים אורגני והבאת האתר למקומות הגבוהים בדף התוצאות, ניתן לחלק את חברות קידום האתרים לשתי קבוצות: קבוצת "הכובעים הלבנים" וקבוצת "הכובעים השחורים". חברות קידום האתרים השייכות לקבוצת "הכובעים הלבנים" ישתמשו בגישה חוקית מבוססת תוכן ולא יפרו את תנאי השרות של מנועי החיפוש הגדולים. חברות קידום האתרים השייכות לקבוצת "הכובעים השחורים" ישתמשו בעיקר טכנולוגית קידום אתרים מונחת טכנולוגיה ולעיתים קרובות יתעלמו מתנאי השרות. שתי הגישות לגיטימיות (אין שום דבר לא חוקי בהפרת תנאי שרות של מנוע חיפוש) ושתי הגישות יכולות ליצור קידום אתרים יעיל אבל חברות קידום אתרים שלוקחות את המילה "אורגני" באופן מילולי מאמינות שגישת "הכובעים השחורים" היא כל דבר פרט לקידום אתרים אורגני.

ישנם לא מעט מיתוסים על קידום אתרים אורגני ונראה שהם הופכים מוזרים יותר משנה לשנה, חלקם מבוססים במידה מסוימת על המציאות חלקם התפשטו בשל הקושי להוכיח איזו תכניקת קידום אתרים גרמה לאיזו תוצאה בתוצאות החיפוש. לדוגמא ייתכן שנעשה שינוי כלשהו באחד מדפי האתר וכמה ימים מאוחר יותר דרוג למילת חיפוש מסוימת משתנה, אי אפשר לדעת אם אחד גרם לשני או אם הם קשורים אחד לשני ובטוח שלא לבנות טקטיקת קידום אתרים על בסיס הארוע. יכולות להיות כ"כ הרבה סיבות לשינוי בדרוג ולעיתים אין לזה שום קשר לאתר עצמו.

עם העליה במחירי הפרסום ברשת כמו גם במחירי הקישורים הממומנים הפרסום ברשת הופך אט אט דומה מאד לשוק הנדל"ן בו רק חברות גדולות יכולות להרשות לעצמן מיקומים טובים. קידום אתרים אורגני שומר על מיקומו של האתר בשל השייכות שלו לחיפוש ולא בשל גודל תקציב הפרסום. עסקים שמסמכים רק על קניית פרסום ימצאו מאד מהר את הקופה מרוקנת והתשורות נעלמות. קידום אתרים אורגני הוא עבודה קשה אך ללא הוצאות גבוהות במיוחד ופוטנציאל הכנסות גבוה מאד.